Instytut Filozofii powstał 1 lipca 2001 roku. W jego skład weszli pracownicy Studium Nauk Humanistycznych, istniejącego wcześniej w strukturach Akademii Rolniczo-Technicznej w Olsztynie, część kadry naukowej ówczesnego Instytutu Nauk Politycznych i Filozoficzno-Społecznych, a także Wydziału Pedagogicznego dawnej Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Olsztynie.

W dniu 28 kwietnia 2008 roku Centralna Komisja ds. Stopni i Tytułów przyznała Wydziałowi Humanistycznemu UWM uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk humanistycznych w dyscyplinie filozofia. Po uzyskaniu ministerialnej kategorii B+ za okres 2017-2021 mamy prawo do nadawania stopni doktora i doktora habilitowanego.

W dniu 15 maja 2008 roku Uchwałą Nr 284/2008 w sprawie jakości kształcenia na kierunku Filozofia na poziomie studiów pierwszego stopnia oraz jednolitych studiów magisterskich Prezydium Państwowej Komisji Akredytacyjnej wydało ocenę pozytywną. Aktualnie Instytut Filozofii prowadzi dwa kierunki studiów: analizę i kreowanie trendów, I i II stopnia oraz filozofię I stopnia.